La Comarca limita al sur con un conjunto de sierras pertenecientes al conjunto de Sierra Morena; al Oeste y Noreste, con el río Zújar; al norte con el río Guadalmez; y al este con el río Yeguas. Todos ellos, apoyados en conjuntos de cadenas montañosas de escasa altitud que contrastan con la amplia llanura que constituye toda la comarca, sólo alterada por pequeñas ondulaciones del terreno. Los Pedroches se encuentran enmarcados por una peculiar orografía que la define en todos su límites.
La comarca de Los Pedroches se caracteriza por disponer de un patrimonio natural de gran valor medioambiental y paisajístico, sobre todo, marcado por una estructura agraria de aprovechamiento sostenible de sus recursos y de cuya fusión surge la especificidad de este territorio: la dehesa. Además de la dehesa, situada a lo largo de la llanura central de la comarca, destacan otros cinco espacios naturales por su extensión y valores ecológicos: la sierra de Santa Eufemia, al norte de Los Pedroches; la seudoestepa, ocupando casi enteramente los municipios de Belalcázar e Hinojosa del Duque al oeste; el olivar de la Sierra de Alcaracejos, Añora, Pozoblanco y Villanueva de Córdoba en el sur de la comarca; los ríos y arroyos, y el Parque Natural de la Sierra de Cardeña y Montoro.
La Comarca de Los Pedroches cuenta con un listado importante de zonas incluidas en la RED Natura 2000, con las siguientes Zonas de Especial Conservación (ZEC), entre las que se encuentra el Parque Natural de Sierra de Cardeña y Montoro, que son: Sierra de Cardeña y Montoro, Sierra de Santa Eufemia, Río Guadalmez, Suroeste de la Sierra de Cardeña y Montoro, Guadalmellato, Ríos Cuzna y Gato, Río Guadamatilla y Arroyo del Tamujar, Río Guadamatilla,Río Zújar, Arroyo de Ventas Nuevas y Río Guadalbarbo.